南京农业大学前身可溯源至1902年三江师范学堂农学博物科和1914年私立金陵大学农科。1952年，全国高校院系调整，以金陵大学农学院、南京大学农学院（原国立中央大学农学院）为主体，以及浙江大学农学院部分系科，合并成立南京农学院；1963年，被确定为全国两所重点农业高校之一；1971年，搬迁至扬州与苏北农学院合并，成立江苏农学院；1979年，回迁南京，恢复南京农学院；1984年，更名为南京农业大学；2000年，由农业部独立建制划转教育部。
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