安徽中医药大学前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省人民政府批准成立安徽中医学院。2011年，组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。2014年，获批安徽省地方特色高水平大学建设单位。2023年，列入安徽省“双一流”创建重点高校。学校是国家中医临床研究基地、国家中医药国际合作基地，博士授权单位、硕士研究生推荐免试单位。
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