安徽中医学院现有29个本科专业（方向）（其中国家教育部高等学校特色专业5个，均已列入一本招生），有2个一级学科博士学位授予点，4个一级学科硕士学位授予点、25个二级学科硕士学位授予点、2个硕士专业学位授权点，5个博士生联合培养基地。有 17个国家中医药管理局重点建设学科、1个省级重中之重学科，12个省级重点建设学科，6个卫生部国家临床重点专科，21个国家中医药管理局重点建设专科、23个安徽省中医药重点专科。
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